Non, tout n'est pas forcément inclus et il est même vraiment déconseillé de tout inclure. Surtout pour tout ce qui est média (image, son, vidéo) car ça alourdit beaucoup les animations et ça ralentit d'autant le chargement. Le son doit donc être appelé par le flash mais pas inclus dedans.
Il faut donc que tu regardes les autres fichiers appelés lors du chargement de ton pop-up et voir s'il n'y a pas un fichier son dans le lot.
EDIT : je ne sais pas si tu sais comment tracer les fichiers appelés... Perso j'utilise un plug-in HTTP Watch sur Firefox.
Si ton son, ce n'est pas René la taupe, tu peux me donner l'adresse de ton pop-up et je regarderai.